Le Shiatsu se pratique traditionnellement au sol sur un futon. 

Le praticien effectue d'abord une prise de pouls, voire un examen de la langue. Puis le receveur s'allonge sur le ventre pour une première partie. Il passe ensuite sur le dos et termine assis.

En fonction des besoins du receveur, le protocole peut également être fait assis dans son intégralité ou sur table de massage. 

Dans l'esprit japonais, il est nécessaire d'être couvert pour recevoir un Shiatsu. Le praticien ne touche pas la peau, le Qi circulant à travers les tissus. Le receveur est donc invité à se présenter habillé lors de la séance, pantalon, manches longues si possible et chaussettes. Pour les parties du visage, le praticien utilise un rectangle de coton aux dimensions précises appelé Tenugui.