Voici un millénaire environ, l’archipel nippon adoptait le massage Anmo-Tuina venant de Chine. Le génie japonais l'adapta à sa mentalité, à son sens de la minutie, et c’est ainsi que naquit le massage Anma. 
Après des siècles de guerres fratricides où les clans luttèrent à mort pour le pouvoir, le Shogunat Tokugawa ( 1603 à 1867) réunifie enfin tout l’archipel sous sa coupe et impose la paix. La société se codifie et se referme sur elle-même. 
Les aveugles sont autorisés à devenir masseurs Anma mais s'ils font merveille grâce à leur sens tactile très développé, toute la dimension théorique de la médecine chinoise est oubliée. C'est un premier coup dur à la pratique. Le deuxième est porté par l'introduction des sciences médicales européennes, portugaises d’abord et hollandaises ensuite. 

L’ère Meiji (1868-1912) résolument tournée vers le futur demande à la population, à l’armée et aux milieux des affaires de rattraper le niveau européen le plus vite possible abandonnant tous les anciens savoirs. Cette perte  est vécue comme un drame par un certain nombre de personnes et un fort mouvement de retour aux techniques ancestrales va naître dans la première moitié du XIXe siècle. 

En 1931, Kaisen Tanokura écrit le premier livre connu et entièrement dédié au Shiatsu, Shiatsu ryhōhō (指圧療法), soit  "Thérapie Shiatsu". Il n'y est plus question de méridiens ni des théories chinoises, le propos s'ancre désormais dans l’anatomie scientifique. Mais la dimension spirituelle se maintient et le praticien Shiatsu est encouragé à ouvrir sa conscience à l’empathie.
Dans les années 40, plusieurs écoles de Shiatsu vont voir le jour à quelques années d'intervalle et ni la guerre, ni les bombardements n'empêcheront la technique de se maintenir et de se diffuser jusqu'à l'Europe.